首先，价格区别：

旗舰版（机器码版）：960

旗舰版(自动授权版)：1399

再者，授权方式上：

旗舰版（机器码版）：

绑定你当前机器的CPU、主板、硬盘、网卡等信息的，只能在一台机器上使用，可以免费更换一次授权。需要联系客服更换处理。

旗舰版(自动授权版) ：

只能在一台机器上使用， 区别是:可以随意更换机器使用，不限制更换次数，自助更换，不需要联系客服处理。

功能区别：

旗舰版（机器码版）：不支持自动更新采集cookie功能，不支持oss上传、七牛云上传、cos上传。

旗舰版(自动授权版)：新增功能 自动更新采集cookie （v9.20版本更新，使用参考教程：http://faq.locoy.com/q-1326.html）

OSS上传 (9.30版本更新，使用参考教程：http://faq.locoy.com/q-1337.html)

七牛云上传 （10.21版本更新，使用参考教程：http://faq.locoy.com/q-1351.html）

COS上传 （10.23版本更新，使用参考教程：http://faq.locoy.com/q-1354.html）

服务区别：

旗舰版（机器码版）：送1个规则1个发布模块配置

旗舰版(自动授权版) ：送2个规则1个发布模块配置

上述4点外，其他的功能和服务都一样。